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INFORMATION.

WISSEN.
LEBEN.

Infrastruktur- und Forschungszentrum für lebenswissenschaftliche Daten und Informationen.

Lebenswissenschaftliche Forschung braucht Infrastruktur.

ZB MED forscht dazu anwendungsorientiert.

DiASPora

Digital Approaches for the Synthesis of Poorly Accessible Biodiversity Information

DiASPora zielte auf die verbesserte Integration, Zugänglichkeit und Handhabbarkeit von Informationen zur Biodiversität von Bakterien. Dabei wurden vorhandene Informationen aus einer Vielzahl von Quellen – darunter mehr als 150 wissenschaftlichen Zeitschriften – gewonnen und aufbereitet.

Das Projekt nutzte die etablierte de.NBI-Datenbank BacDive, um die Daten in maschinenlesbarer Form zusammenzuführen und gut zugänglich zu machen. Parallel wurden neue bioinformatische Werkzeuge für multidimensionale Analysen dieser ganz verschiedenartigen molekularen, phänotypischen und ökologischen Daten entwickelt, um die Eigenschaften von Bakterien vorhersagbar zu machen.

Im Projekt arbeiteten Wissenschaftler:innen verschiedener Disziplinen mit ihren jeweils unterschiedlichen Methoden zusammen. Sie brachten Kompetenzen aus Mikrobiologie, Informatik, semantischem Wissensmanagement, Datenwissenschaften, Software-Entwicklung, Text Mining und Bioinformatik mit. So kamen verschiedene, komplementäre Ansätze zusammen: manuelle Kuration, Text Mining, Schlussfolgerungen durch bioinformatische Methoden und maschinelles Lernen.

Durch den Einsatz von Vokabularen und Ontologien wurden die mikrobiologischen Daten der BacDive-Datenbank mit Hilfe des Resource Description Framework (RDF) in ein maschinenlesbares Format umgewandelt. Anschließend wurden die transformierten Daten verwendet, um einen Wissensgraphen zu erstellen, der innovative Suchmöglichkeiten für die Entdeckung neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse und bis dato verborgener Datenbeziehungen ermöglicht.

Aufgaben von ZB MED

Aktivierung von mikrobiologischem Wissen durch Text Mining wissenschaftlicher Literatur

Laufzeit

01.05.2020 – 31.08.2023

Drittmittelgeber

Leibniz-SAW, Programm Leibniz-Kooperative Exzellenz

Partner

  • Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Braunschweig (Projektkoordination)
  • TIB – Leibniz-Infor­mations­zentrum Technik und Naturwissenschaften, Hannover

Das Bundesgesundheitsministerium fördert ZB MED

Fördernachweis durch das Bundesministerium für Gesundheit

ZB MED ist eine gemeinnützige Stiftung des öffentlichen Rechts, die vom Bundesgesundheitsministerium aufgrund eines Beschlusses des Deutschen Bundestages gefördert wird.

Lokale Hochschulen sind enge Kooperationspartner von ZB MED

Deutsches Logo der Universität zu Köln

Die bewährte Partnerschaft von ZB MED mit der Universität zu Köln zeigt sich in Forschung, Lehre und Informationsversorgung. Der Wissenschaftliche Leiter von ZB MED hat zugleich eine Professur an der Medizinischen Fakultät.

Das Land NRW fördert ZB MED

Deutsches Logo des Ministeriums für Kultur und Wissenschaft des Landes Nordrhein-Westfalen.
Deutsches Logo des Ministeriums für Kultur und Wissenschaft des Landes Nordrhein-Westfalen.

ZB MED ist eine gemeinnützige Stiftung des öffentlichen Rechts, die vom Ministerium für Kultur und Wissenschaft des Landes NRW finanziert wird.

Lokale Hochschulen sind enge Kooperationspartner von ZB MED

Deutsches Logo der Universität Bonn

Mit der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität arbeitet ZB MED in Forschung und Lehre zusammen - zum Beispiel mit einer gemeinsamen Professur. Der ZB MED-Standort Bonn befindet sich auf dem Campus Poppelsdorf.

ZB MED steht für Open Access

Logo der Open-Access-Informationsplattform

ZB MED setzt sich für einen freien Zugang zu Wissenschaft und Forschung ein – beispielsweise mit dem Publikationsportal PUBLISSO.

Lokale Hochschulen sind enge Kooperationspartner von ZB MED

Im Fokus der Zusammenarbeit mit der TH Köln steht die informations- und datenwissenschaftliche Qualifizierung – unter anderem mit gemeinsamen Professuren.

ZB MED ist Mitglied von DataCite e.V.

DataCite Logo

DataCite ist eine internationale Non-Profit-Vereinigung, die Services und Know How rund um das Management und die Referenzierung von Forschungsdaten bietet.

ZB MED kooperiert mit der Universität Bielefeld

Logo der Universität Bielefeld

Die Einrichtungen haben vereinbart, gemeinsam komplementäre Informationsdienste für die Lebens­wissen­schaften anzubieten.

ZB MED setzt sich für Chancengleichheit ein

TOTAL E-QUALITY Deutschland e. V. zeichnet ZB MED 2024 bereits zum fünften Mal mit seinem Zertifikat für das Engagement aus. 

ZB MED ist einer von über 30 Partnern im LFV Open Science

Das Netzwerk engagiert sich in der Erforschung und Entwicklung von Arbeitsmethoden, Infrastrukturen und Werkzeugen offener Wissenschaft.

ZB MED ist Mitglied der DAFA

Die Deutsche Agrarfoschungsallianz verfolgt das Ziel, die Leistungsfähigkeit, die Transparenz und die internationale Sichtbarkeit der deutschen Agrarforschung zu verbessern. Sie ist ein Gemeinschaftsprojekt der deutschen Agrarforschung.

ZB MED bekennt sich zu den Grundsätzen von Libraries4Future.

Logo von Libraries4Future

Klimaschutz, Nachhaltigkeit, Verantwortung, sozialer Zusammenhalt.