Ein computergestütztes Werkzeug für die Analyse von Grad-seq-Daten
RNA-RNA-, RNA-Protein- und Protein-Protein-Interaktionen spielen eine wichtige Rolle bei der posttranskriptionellen Genregulation in allen lebenden Arten. Eine globale Karte solcher Interaktionen ist ein wichtiger Beitrag zu einem ganzheitlichen Verständnis der regulatorischen Netzwerke eines Organismus. Grad-seq ist ein Hochdurchsatz-Profiling-Ansatz für den organismusweiten Nachweis dieser Interaktionen, bei dem molekulare Komplexe in einem Gradienten nach Form und Größe getrennt werden. Der Grad-seq-Ansatz bietet eine Möglichkeit, die Rolle unterschiedlicher RNA- und Proteinkomponenten in verschiedenen makromolekularen Assemblierungen zu untersuchen, indem Fraktionen eines Glycerin-Gradienten mit Hochdurchsatz-Sequenzierungsansätzen und Massenspektrometrie analysiert werden. GRADitude ist ein modulares Werkzeug, das in der Programmiersprache Python entwickelt wurde und alle erforderlichen Schritte durchführt, um Sequenzierungs- und Massenspektrometriedaten in eine Liste potenzieller molekularer Komplexe zu übersetzen. Es bietet zahlreiche Visualisierungen, die es dem Benutzer leicht machen, ein tiefes Verständnis der Daten zu erlangen.
Aufgaben von ZB MED
ZB MED entwickelt GRADitude in enger Zusammenarbeit mit experimentellen Partnern, um die Analyse von Grad-seq-Daten zu erleichtern.
