Vergleichende Analyse der regulatorischen Netzwerke kleiner RNA in Gammaproteobacteria
Im Projekt sRNARegNet sollen durch die Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzdaten kleine, regulierende RNAs – sogenannte sRNAs – gefunden und deren regulatorische Netzwerke verglichen werden. Im Fokus stehen Vertreter der Gammaproteobakterien. Dies ist eine sehr diverse Klasse von Bakterien, die viele medizinisch, ökologisch und wissenschaftlich wichtige Gruppen beinhaltet. Dazu zählt auch eine Reihe wichtiger Krankheitserreger von Mensch, Tier und Pflanzen, wie zum Beispiel Salmonella spp. als Erreger von Typhus, Vibrio cholerae als Erreger der Cholera oder Pseudomonas aeruginosa als Erreger von Lungeninfektionen.
Bakterien produzieren im Allgemeinen hunderte von sRNA, die nicht wie andere RNA in Protein übersetzte werden oder strukturelle Funktionen übernehmen, sondern als Regulatoren in der Zelle agieren. Die Bedeutung dieser sRNA sowie die Funktionen für die verschiedensten biologischen Prozesse sind häufig unbekannt. Im Projekt sRNARegNet verfolgt das Team einen neuen Ansatz zur Erforschung dieser Prozesse. Verschiedene Bakterien-Spezies innerhalb der Klasse der Gammaproteobacteria werden systematisch hinsichtlich ihrer sRNA verglichen. Der bioinformatische Vergleich neuer sRNAs soll Hinweise auf die Funktionen geben und helfen diese vorauszusagen.
Die im Projekt sRNARegNet generierten Daten werden als offene Ressource anderen Forschenden mit unterschiedlichen Forschungsinteressen zur weiteren Nutzung zur Verfügung gestellt.
Aufgaben von ZB MED
- Datenintegration und bioinformatische Analyse
- Erstellung von Webressourcen zur Bereitstellung der Daten
Laufzeit
1. September 2020 – 31. August 2024
Drittmittelgeber
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
Partner
- Dr. Gisela Storz, National Institutes of Health (NIH), Bethesda, USA
- Prof. Dr. Kai Papenfort, Friedrich-Schiller-Universität Jena
