Die Leibniz-Gemeinschaft ist die Vereinigung von 95 außeruniversitären Forschungs- und Infrastruktureinrichtungen, die gemeinschaftlich von Bund und Ländern auf der Grundlage von Artikel 91b Grundgesetz finanziert werden. Sie haben jeweils überregionale gesamtstaatliche und wissenschaftspolitische Bedeutung.
ZB MED fühlt sich als früheres Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft eng verbunden und unterstützt weiterhin deren Institute. Als Infrastruktur- und Forschungszentrum für lebenswissenschaftlichen Daten und Informationen setzt sich ZB MED in besonderer Weise für Open Access zu Publikationen und Forschungsdaten ein und wirkt in Arbeitskreisen der Leibniz-Gemeinschaft wie Open Access und Forschungsdaten aktiv mit. Darüber hinaus ist ZB MED Mitglied im Leibniz-Forschungsverbund Open Science und im Leibniz-Forschungsverbund Gesundes Altern.